У овом чланку ћемо покрити најбољи бесплатни софтвер за молекуларно моделирање^{(Molecular Modeling software)} за Виндовс 10^{(Windows 10)} ПЦ. Користећи овај бесплатни софтвер, можете креирати моделе различитих једноставних до сложених хемијских једињења. Ова колекција софтвера је од помоћи студентима биоинформатике, хемијског инжењерства итд. Можете додати различите елементе из периодног^{(Periodic Table)} система да бисте формирали хемијско једињење. Штавише, у овом софтверу такође можете да видите хемијско једињење у различитим стиловима, као што су жичани оквир, лопта и штап, цеви, лопта и цилиндар^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} и још много тога.

Софтвер за молекуларно моделирање^(Modeling) за Виндовс 10^{(Windows 10)}

Неки од ових софтвера такође укључују различите хемијске групе и структуре за вашу удобност. Једноставно^(Simply) их изаберите и ваш хемијски модел је спреман. Примери хемијских група укључују  алкохоле, бензен, алдехиде, аминокиселине^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} , итд. Осим тога, можете да радите и хемијске прорачуне као што су  енергија, дужина везе^{(energy, bond length)} итд.

1. Авогадро
2. МолуЦАД
3. АргусЛаб
4. Асцалапх Десигнер

Хајде да их погледамо.

1] Авогадро

 Авогадро^(Avogadro)  је одличан бесплатни софтвер за молекуларно моделирање који долази са мноштвом функција. Његов интерфејс прилагођен корисницима олакшава разумевање за кориснике. Када покренете софтвер, видећете црни екран и панел са леве стране. Неким често коришћеним елементима можете приступити из „ падајућег менија^{(drop-down menu)} “ на левој табли. Ако желите да приступите свим елементима, једноставно кликните на „ друго^(other) “ у падајућем менију и софтвер ће покренути периодни^{(Periodic Table)} систем . Елемент који изаберете из периодног^{(Periodic Table)} система биће доступан у падајућој листи.

Кораци за цртање хемијског једињења:

1. Изаберите^(Select) елемент из падајућег менија на левом панелу и кликните на црни екран да бисте га додали.
2. Сада изаберите други елемент из падајућег менија.
3. Притисните и држите леви клик миша и превуците га до првог елемента да бисте га повезали хемијском везом. Такође можете да изаберете тип хемијске везе, једноструку, двоструку или троструку.

Постоје различита дугмад на траци са алаткама софтвера:

• Алат за цртање^{(Draw tool)} : Омогућава вам да нацртате различита молекуларна једињења.
• Алат за навигацију^{(Navigation tool)} : Користећи га, можете да померате, ротирате, увећавате и умањујете молекуларни модел.
• Алат за манипулацију усредсређен^{(Bond centric manipulation tool)} на везу : Изаберите овај алат и кликните на било коју везу да бисте видели угао.
• Алат за аутоматско ротирање^{(Auto rotation tool)} : Изаберите овај алат и кликните на дугме „ Старт^(Start) “. Сада притисните и држите леви клик миша и превуците га у било ком правцу. Пустите леви клик и молекуларни модел ће аутоматски почети да се ротира.

Ако желите да аутоматски промените дужину везе једињења, идите на „ Extensions > Optimize Geometry “ или притисните „ Ctrl+Alt+O “. Да бисте израчунали енергију, идите на „ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy “.

Чување датотеке^{(Saving the File)} : Можете да сачувате свој пројекат у више формата, укључујући  ПДБ, ЕНТ, ЦХМ, АЛЦ, ЦДКСМЛ, ЦДКС, Ц3Д2, Ц3Д1, СД, СДФ, ДМОЛ, ЦХТ, ГАМ^{(PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM)} . Осим тога, доступна је и опција извоза помоћу које можете да сачувате свој пројекат у  ПДФ, СВГ, БМП, ЈПГ, ПНГ^{(PDF, SVG, BMP, JPG, PNG)} , итд.

2] МолуЦАД

МолуЦАД^(MoluCAD)  је још један бесплатни бесплатни софтвер за молекуларно моделирање на овој листи. Као и Авогадро^(Avogadro) , такође долази са много функција. У овом софтверу можете да гледате и 2Д и 3Д поглед у суседству. Неки често коришћени елементи доступни су на левом панелу софтвера. Да бисте га додали у главни простор, једноставно кликните на било који од елемената. Ако елемент који желите да додате тамо није доступан, можете га изабрати из периодног^{(Periodic Table)} система . Да бисте видели периодни^{(Periodic Table)} систем , кликните десним тастером миша на црни простор и кликните на дугме „ Додај атом^{(Add Atom)} “.

Кораци за цртање хемијског једињења:

1. Кликните^(Click) на било који од елемената на левом панелу да бисте га додали.
2. Кликните^(Click) на други елемент да бисте га додали или га можете изабрати из периодног^{(Periodic Table)} система .
3. Да бисте повезали елементе, идите на „ Add > Bonds – Connect Atoms “ и изаберите врсту хемијске везе. Сада кликните на први атом, а затим кликните на други.

Осим елемената, можете додати и једињења. На десном панелу ћете пронаћи различите  молекуле, аминокиселине, функционалне групе, усамљене парове атома^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} , итд. Изаберите било коју структуру и превуците је и отпустите у главни простор. Можете израчунати енергију молекула тако што ћете кликнути на „ Energy > Evaluate Energy “.

Користећи мени „ Упит^(Query) “, можете израчунати  растојање између два атома, дужину везе, угао везе, угао торзије, центар масе^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} , итд. Можете видети 3Д структуру у четири различита приказа,  одозго, напред, са стране и коси^{(top, front, side, and oblique)} . Идите на „ View > Graphics Mode “ да видите модел у различитим облицима, као што су  лопта и штап, попуњавање простора, цеви^{(ball & stick, space fill, pipes)} и још много тога.

Чување датотеке^{(Saving the file)} : Можете да сачувате пројекат у МЦД^(MCD) формату. Ако користите опцију „ Извоз “ у менију „ ^(Export)Датотека^(File) “, можете да сачувате свој пројекат у  ЈПЕГ^(JPEG)  и  Виндовс БИТМАП^{(Windows BITMAP)}  форматима.

3] АргусЛаб

АргусЛаб^(ArgusLab)  је још један софтвер за молекуларно моделирање прилагођен кориснику који долази са лако разумљивим функцијама. Користећи овај софтвер, можете креирати структуру различитих хемијских једињења. На левом панелу софтвера, доступне су три картице:

• Атоми^(Atoms) : Ова картица садржи различите елементе периодног^{(Periodic Table)} система . Кликом на сваки атом, софтвер приказује његову геометрију. Кликните^(Click) на дугме „ Периодични^{(Periodic Table)} систем “ да бисте покренули периодни^{(Periodic Table)} систем .
• Прстенови^(Rings) : Овде ћете добити различите врсте хемијских структура прстена.
• Амино киселине^{(Amino Acids)} : Ова картица приказује различите врсте аминокиселина. На овој картици је такође доступан „ Полипептиде Буилдер ”.^{(Polypeptide Builder)}

Кораци за цртање хемијског једињења:

1. Кликните на картицу „ Атом^(Atom) “ на левом панелу да бисте додали елемент.
2. Изаберите^(Select) било који од доступних елемената. Ако ваш жељени елемент није тамо, можете га изабрати из „ периодичне табеле^{(Periodic Table)} “.
3. Кликните десним тастером миша^(Use) да поставите елемент на предвиђени простор.
4. Изаберите^(Select) други елемент. Сада, изаберите последњи елемент користећи леви клик и поставите други елемент користећи десни клик. Ово ће спојити два елемента и формирати једињење.
5. Да бисте додали прстенове и аминокиселине у простор, пратите исте кораке.

4] Асцалапх Десигнер

Асцалапх Десигнер^{(Ascalaph Designer)}  је још један добар бесплатни софтвер за молекуларно моделирање. Најбољи део софтвера је то што га не морате инсталирати на рачунар. Долази са извршном датотеком. Софтвер ће бити преузет у зип формату. Након што га распакујете, наћи ћете извршну датотеку у фасцикли „ бин “.^(bin)

Кораци за цртање хемијског једињења:

1. Притисните “ Ctrl+N ” да започнете нови пројекат.
2. Да бисте додали елементе, морате да отворите периодни^{(Periodic Table)} систем . За ово идите на „ Build > Free Drawing .“
3. Изаберите^(Select) било који од елемената и поставите их у простор притиском на тастере „ Ctrl+Shift ”.
4. Поставите други елемент користећи горњи корак и превуците га до последњег елемента да бисте их повезали хемијском везом.

Можете видети свако једињење у различитим облицима као што су  лопта и штап, жичани оквир, ЦПК^{(ball and stick, wireframe, CPK)} , итд., Кликом на дугмад на десном панелу. Када изаберете било који елемент из периодичне табеле^{(Periodic Table)} , он вам показује додатне информације као што су  назив елемента, хибридизација, ковалентна и Ван Дер Валсове силе привлачења^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Кликните на мени „ Анализа^(Analyze) “ да извршите различите прорачуне, укључујући  енергију, температуру, притисак, диполни момент^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} итд.

Чување датотеке^{(Saving the file)} : Можете да сачувате свој пројекат само у сопственим форматима, укључујући  мим, хин, кмол^{(mim, hin, xmol)} ,  ммол, смол, ^{(mmol, smol, )} итд. Ово је недостатак овог бесплатног софтвера.

Надамо се да вам је овај пост био користан за ваше школске и факултетске пројекте.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Најбољи бесплатни софтвер за скенирање бар кодова за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер за симулацију кола за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер за удаљену радну површину за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер за мапирање дрона за Виндовс 10

• Најбоље апликације за ИП камеру за Виндовс 10 ПЦ и Андроид телефон

• Балаболка: Преносиви бесплатни претварач текста у говор за Виндовс 10

• ЦлицкЦхарт је бесплатни софтвер за дијаграме и дијаграме тока за Виндовс 10

• Најбоље бесплатне апликације за писање поезије и цитата за Виндовс 10

• Најбоље бесплатне Гарагебанд алтернативе за Виндовс 10 ПЦ

• Најбољи бесплатни софтвер Виндов Манагер за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер за ФТП клијент за Виндовс 10 рачунар

• Најбољи бесплатни софтвер за управљање болницом за Виндовс 10

• Рецордит: Бесплатан ГИФ снимач екрана за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер за цртање на екрану на рачунару са оперативним системом Виндовс 10

• Лонг Патх Фикер Тоол ће поправити грешке предугачке путање у оперативном систему Виндовс 10

• Најбољи бесплатни плејер аудио књига за Виндовс 10

• Најбољи бесплатни софтвер ДБФ Филе Виевер за Виндовс 10

• Старт Еверивхере је алтернатива Старт менију за Виндовс 10

• Креирајте једноставне белешке помоћу ПеперНоте-а за Виндовс 10

• Претворите ЕПУБ у МОБИ - Бесплатни алати за претварање за Виндовс 10